Istituita con r.d. 20 sett. 1871, n. 447, vi confluirono competenze attinenti al regime delle acque, ai canali demaniali di navigazione e di irrigazione, alla distribuzione delle acque, alla bonifica delle paludi, al regime e alla polizia delle acque pubbliche, alla navigazione fluviale e lacuale, ai porti, fari e spiagge, già appartenenti alla Direzione generale ponti, acque e strade , e altre competenze in materia di bonifiche già appartenenti al ministero dell'agricoltura, industria e commercio (r.d. 27 ott. 1869, n. 5339). In seguito alla soppressione di questo ministero con r.d. 26 dic. 1877, n. 4220, passarono al ministero dei lavori pubblici i servizi relativi alle miniere, foreste, servizio idrografico e servizio meteorologico, il consiglio delle miniere e il comitato geologico, il comitato idrografico e il comitato meteorologico. Con r.d. 8 sett. 1878, n. 4498, queste competenze tornarono al ricostituito ministero dell'agricoltura, industria e commercio, tranne, come già ricordato, il servizio idrografico, che rimase al ministero dei lavori pubblici e fu attribuito alla direzione generale opere marittime (vedi Direzione generale viabilità e porti ). Con r.d. 14 nov. 1929, n. 2183, tutte le competenze in materia di bonifiche passarono a un sottosegretariato istituito presso il ministero dell'agricoltura e foreste