Pur avendo sempre riconosciuto formalmente la propria dipendenza dall'Impero prima e dalla Chiesa poi, Ancona godette a lungo di autonomia  [Statuti anconitani del mare, del terzenale e della dogana e patti con diverse nazioni, a cura di C. CIAVARINI,1, Ancona 1896, p. 9; R. FOGLIETTI, Dei marchesi di Ancona, Macerata 1906; M. NATALUCCI, Ancona attraverso i secoli,1, Città di Castello 1960, pp. 232-235 e 237-239; G. AIRALDI, Un'ambasceria genovese a Zara nel 1386-87, in Miscellanea di studi storici, I, Genova 1969, pp. 137-209 [in particolare le pp. 144-145,156-160 e 162] ]  la cui estensione e i cui limiti non vennero mai precisamente definiti, neppure in occasione dei ripetuti tentativi di Innocenzo III di rendere più diretta la dominazione papale sulla città, e nonostante l'energica ma transitoria presa di possesso da parte dell'Albornoz. Con la crisi del 1532, il governo pontificio s'impadronì della città manu militari. L'organizzazione amministrativa rimase pressoché inalterata fino all'occupazione napoleonica: vi erano un consiglio maggiore, l'ufficio del podestà - sempre forestiero -, le magistrature degli anziani, i regolatori e i conservatori delle leggi. In materia commerciale c'era il consolato dei mercanti. La città era il centro di un organismo politico amministrativo comprendente terre e castelli, alcuni dei quali divennero nel sec. XIX e per parte del sec. XX comuni autonomi, mentre ora sono inclusi nel comune di Ancona: Gallignano, Massignano, Montesicuro, Paterno, Poggio e Varano; altri invece sono ora comuni autonomi: Agugliano, Camerano, Camerata (Camerata Picena), Falconara (Falconara Marittima), Montesanvito, Umana (Numana) che deteneva il titolo di civitas, Offagna, Polverigi, Sirolo