Non fu istituita con provvedimento formale, ma cominciò a funzionare dal 1545 come consiglio del principe, composto dai suoi principali collaboratori, che all'inizio componevano il consiglio segreto di Cosimo I, di due senatori che risiedevano negli Otto di pratica, sostituiti nel 1560 dai due che facevano parte del magistrato dei Nove, dopo la soppressione degli Otto, dall'auditore fiscale, dal depositario generale, e da esperti chiamati di volta in volta dal principe a suo arbitrio. Ne era segretario l'auditore delle riformagioni.
Ebbe grande autorità fino al primo ventennio del sec. XVII; in questo periodo discusse le principali riforme attuate dai Medici. Ebbe anche funzione di tribunale, ma senza una giurisdizione determinata per legge. Aveva la cognizione delle controversie sorte sia tra feudatari, sia tra costoro e i vassalli. Una disposizione di Cosimo I del 31 mar. 1556 dava alla Pratica la facoltà di giudicare solo le cause affidatele per rescritto; nel 1557 le fu data la facoltà di approvare gli statuti rogati dai " ministri " delle riformagioni; dal 1582 la facoltà di abilitare notai all'esercizio della professione e ricevere il loro giuramento; il 28 gennaio 1583 la cognizione delle cause sorte tra " magistrato e magistrato ", da giudicarsi con procedura sommaria; nel 1586 quella di autorizzare i giudici e notai in carica ad assentarsi dalla propria residenza. La maggior parte delle funzioni giurisdizionali passarono gradualmente alla consulta, istituita nel 1600, tranne la cognizione delle cause feudali. Fu abolita con motuproprio del 16 apr. 1784  [Bandi Toscana, cod. XII, n. XV]  e le sue competenze passarono alla consulta. La pratica segreta si riuniva in un primo tempo nei locali adibiti a sede degli otto di pratica, e ne esercitò alcune funzioni; perciò forse furono aggregati al suo archivio i registri delle deliberazioni di questa ultima magistratura dal 1532 al 1560