Alla morte di Francesco Maria II della Rovere (1631), una parte dell'archivio ducale di Urbino fu inviata alla curia pontificia che aveva preso possesso del ducato come feudo della Chiesa, mentre una parte più consistente pervenne a Firenze (1638) a titolo di eredità allodiale della granduchessa di Toscana, Vittoria della Rovere, unica erede della famiglia. Nel 1795 si ebbe una seconda consegna di atti
[Nel 1830 un gran numero di filze relative all'attività economico-finanziaria del ducato fu distrutto in operazioni di scarto. Una parte dell'archivio del ducato, rimasta a Pesaro, è oggi presso l'Archivio di Stato e presso la biblioteca Oliveriana. I documenti spediti a Roma dopo il 1631 si trovano presso l'Archivio vaticano]
La gran parte delle pergamene è collocata nell'
archivio diplomatico
.Sono descritte soltanto le serie principali
BIBL.: M. MORICI, L'archivio urbinate nel r. Archivio di Stato di Firenze, in Le Marche illustrate nella storia, nelle lettere e nelle arti, I (1901), fasc. 3, pp. 38-41; G. GRONAU, Documenti artistici urbinati, Firenze i935 [in part. le pp. V-XII]; F. BOCK, Mittelalterliche Kaiserurkunden im alten Urbinater Archiv, in Quellen und Forschungen aus italienischen Archiven und Bibllotheken, XXVII (1936-1937), pp. 251-263; A. PANELLA, Gli archivi fiorentini... cit.; G. PAMPALONI, La riunione degli archivi..., cit.; L. MORANTI, La Sottosezione di Archivio di Stato di Urbino e gli altri archivi urbinati, in RAS, XXIII (1963), pp. 73-106; C.H. CLOUGH, Sources for the economic history of the duchy of Urbino, 1474-1508, in Manuscripta, X (1966), pp. 3-28; A. D'ADDARIO, L'archivio dei ducato di Urbino. Un problema di storia e di diritto archivistico, in Miscellanea in memoria di Giorgio Cencetti, Torino 1973, pp. 579-637