Sotto questa denominazione sono raccolte in un unico complesso archivistico circa 28.000 buste che conservano documenti riordinati secondo il metodo peroniano, provenienti dagli archivi delle magistrature, dei ministeri e degli uffici governativi dello Stato di Milano. La documentazione è suddivisa in parte antica, per i secc. XV-XVIII, e parte moderna, per il sec. XIX Costituiscono la parte antica del fondo atti e scritture tratti dagli archivi dei seguenti organi centrali dello Stato: cancelleria del governatore (1535-1796); cancelleria del gran cancelliere (cancelleria segreta, 1535-1755); cancelleria del ministro plenipotenziario (1755-1796); cancelleria del consiglio segreto, organo consultivo (1535-1750); consiglio politico militare (1750-1753); consiglio privato (1753-1786); reale giunta di governo interinale e provvisoria (1716-1796); magistrato ordinario (1535-1541 e 1653-1749); magistrato delle entrate ducali (1541-1563); magistrato camerale (1749-1771); nuovo magistrato camerale (1771-1786); tesoreria generale (1535-1786); ufficio dell'armata regia (1541-1791); ufficio della mezzannata (1631-1791); ufficio della mezza per cento (1636-1771); magistrato della sanità (1534-1786); economato regio apostolico (1535-1786); ufficio fiscale (1708-1800); giunta del mercimonio (1715-1765); prefettura-commissariato dell'estimo-ufficio del censo (1546-1716); giunta del censimento (1718-1733 e 1749-1758); delegazione (provvisionale, interinale) del censimento (1758-1761); giunta-commissariato magistratura dei confini (1735-1768 e 1777-1786); giunta della sanità (1747-1749); giunta degli studimagistrato degli studi (1765-1786); giunta fiscale (1766-1771); giunta economale (1765-1786); giunta delle acque, strade e confini (1768-1771); giunta bancale (1769-1771); giunta delle finanze (1770-177 l); giunta delle pie fondazioni (1784-1786); commissione delle pie fondazioni (1786); supremo consiglio di economia (1765-1771); tribunale araldico (1768-1786); commissione araldica (1791-1796); camera dei conti (1770-1801); intendenza generale delle finanze (1780-1796); commissione ecclesiastica e degli studi (1786-1796); magistrato politico camerale (1791-1796); giunta di governo (9-21 maggio 1796); amministrazione generale di Lombardia - congregazione dello Stato - congresso di Stato (21 maggio 1796-20 giugno 1797); finanze e rendite camerali (dal 26 maggio 1796); materie politiche e civili (dal 29 ottobre 1796); organi della repubblica cisalpina (6 giugno 1797-26 aprile 1799): comitato consulente, corpo legislativo, direttorio esecutivo, ministeri: di polizia (fino al 3 novembre 1797), interno, esteri, finanze, giustizia, guerra; amministrazione centrale di Milano (26-29 aprile 1799); amministrazione provvisoria di governo (19 aprile 1799-23 maggio 1800); reggenza di governo (23 maggio-giugno 1800).
Costituiscono la parte moderna atti e scritture dei seguenti archivi: seconda repubblica cisalpina (1800-1802): consulta legislativa, commissione straordinaria di governo, comitato governativo, ministeri-dipartimenti (interno, giustizia); repubblica italiana (1802-1805): consulta di Stato, consiglio e corpo legislativo, ministeri (segreteria di Stato, interno, culto, finanze); regno d'Italia (1805-1814): consiglio di Stato (consiglio dei consultori, dal 20 dicembre 1807, senato consulente-alta corte reale, consiglio legislativo, consiglio degli uditori), cancelleria del consiglio del sigillo, segreteria di Stato in Milano (corrispondenza, archivio), ministero per l'interno (segreteria generale archivi, agricoltura, beneficenza, carceri, commercio, sanità, stato civile, vettovaglie; direzione generale di pubblica istruzione; direzione generale acque e strade; direzione generale di polizia; direzione generale della amministrazione dei comuni; direzione generale della beneficenza), ministero per il culto (divisione prima, giurisdizione politica sopra istituti e personale del clero, garanzia dei culti; divisione seconda, benefici, patronati, placitazioni; divisione terza, vigilanza amministrativa e tutoria sul patrimonio ecclesiastico, contabilità), ministero per le finanze (segreteria generale), ministero per la giustizia (divisione prima affari generali; divisione seconda, organizzazione giudiziaria; divisione terza. personale, stato civile; divisione quarta, carceri, provvedimenti criminali, grazia; presidenza del ministro gran giudice: commissioni reali per la codificazione), ministero per il tesoro (segreteria generale, ragioneria generale); archivi della presidenza del governo provvisorio (regno d'Italia sotto la protezione delle potenze alleate, 21 aprile-24 maggio 1814); archivi della plenipotenza Bellegarde e reggenza provvisoria di governo (maggio 1814-aprile 1815); governo di Lombardia: consiglio di governo, senato politico (1815-1848: acque e strade, agricoltura, arti e mestieri, benefici ecclesiastici di patronato regio, cittadinanza, commercio, confini, diritti di rango, emigrazioni, feudi, istruzione pubblica e privata, polizia), ufficio di revisione dei libri e delle stampe, amministrazione del censo, commissione araldica; archivio della luogotenenza lombarda (1849-1859); archivi del regio governo di Lombardia (1859-1860).
Il sistema di ordinamento di questo fondo risale ad Ilario Corte, prefetto dell'Archivio del castello dal 1762 e poi dell'Archivio governativo: fu attuato dai suoi discepoli, Bartolomeo Sambrunico, direttore dell'Archivio governativo negli anni 1786-1796 1799-1800, 1814-1818, e Luca Peroni, direttore dell'archivio governativo dal 1820 al 1832, dal quale prende il nome (sistema peroniano); l'applicazione fu continuata dai successori, Giuseppe Viglezzi e Luigi Osio. soltanto Cesare Cantù pose fine a questo sistema di ordinamento. Il sistema, che si ispira ai principi dell'enciclopedismo, fu di ridurre sotto " voci dominanti " gruppi di atti e scritture di eterogenea provenienza archivistica, ma relativi a omogenea materia.
I documenti venivano sottoposti a operazioni di smembramento (sceveramento) e di scarto (selezione)  [Mediante lo " sceveramento " si estraevano gli atti dai fondi, si classificavano e si raccoglievano nelle predisposte " categorie "; mediante la " selezione " se ne giudicava il valore e quindi se ne determinava la conservazione o lo scarto]  e quindi riordinati per " voci dominanti " (categorie, classi, rubriche) che erano poi divise in "voci subalterne" o "titoli", disposti all'interno in ordine geografico-cronologico, distinguendo " le provvidenze generali " (PP. GG.) dalle " occorrenze particolari " (Occ. Part.), per raccogliere nelle prime le disposizioni generali e nelle seconde gli atti dei corpi di amministrazione e dei " particolari ".
I documenti sono ordinati per materie disposte in ordine alfabetico, nell'ambito di due partizioni basate sul criterio cronologico dell' " osservanza delle centurie iniziali e finali ": la parte antica (p. a.) raccoglie atti e scritture dal Quattrocento al Settecento (31 dicembre 1800), la parte moderna (p. m.) dal 1 gennaio 1801 in poi.
All'interno di ciascuna materia i documenti sono in ordine cronologico