Gli archivi del periodo napoleonico, generalmente indicati come Archivio nazionale, dalla denominazione allora assunta dall'Archivio governativo, si riferiscono al periodo compreso tra la fine del ducato e la proclamazione della repubblica cisalpina; alla prima e alla seconda repubblica cisalpina; alla occupazione austro-russa tra la prima e la seconda repubblica cisalpina; alla repubblica italiana (26 gennaio 1802-19 marzo 1805); al regno d'Italia (1805-1814)