Gran parte delle riforme di Francesco III, ispirate ai principi dell'assolutismo illuminato, si concretò nell'istituzione di magistrature incaricate di funzioni di carattere amministrativo ed economico, nel senso lato (non finanziario) del termine, che in precedenza erano state appannaggio quasi esclusivo delle comunità o, tutt'al più, materia di intervento della cancelleria in quanto struttura inarticolata. Tralasciando i meno rilevanti e quelli di cui si parla altrove, importa menzionare qui i seguenti provvedimenti. Istituzione, nel 1754, del Magistrato del buon governo, con poteri di controllo sull'operato delle comunità e dei corpi e congregazioni deputati, in seno alle stesse, all'annona e alla sanità pubblica, nonché con competenza in materia di archivi notarili, caccia e pesca, poste corrieri e navigazione.
Tentativo, iniziato già nel 1739, di coordinare sotto la direzione del Magistrato delle acque del comune di Modena l'attività delle varie congregazioni di acque e strade dello stato e creazione, nel 1750, di un Ufficio della carreggiatura (o Boattiera) per le prestazioni in materia di trasporti e ghiaratura; il magistrato venne declassato però a semplice congregazione comunale nel 1767, mentre sorgeva una sovrintendenza delle acque e strade.
Del pari, rispettivamente nel 1764 e 1766, forse in concomitanza con la riduzione del buon governo al semplice controllo sulle comunità, nascevano anche un Magistrato del commercio e agricoltura e un Magistrato d'annona. Ma da quando, con ducale chirografo 18 mag. 1768, il governo dell'antica camera ducale venne affidato a un (supremo) consiglio di economia (vedi Fondi camerali diversi ), questo accentrò sotto la propria direzione, prima di fatto poi anche formalmente (ducale chirografo 5 ag. 1776), oltre a quelle più specificamente finanziarie, anche tutte le funzioni suddette, distribuendone le competenze tra i consiglieri, o ministri, che lo componevano