E' quanto resta unito - dopo successivi e ormai irreversibili smembramenti - da un lato di quella che sarebbe stata la vera prosecuzione dell' Archivio segreto estense , insieme al quale costituiva fino al 1859 il reale archivio segreto, e dall'altro del cosiddetto archivio austro-estense di Vienna, vale a dire di quanto fu possibile rinvenire e recuperare dall'Austria nel 1921 dell'archivio che si trovava presso l'ex duca di Modena al momento della sua morte a Vienna nel 1875.
Le prime tre serie sono state in genere citate con la seguente collocazione: Archivio austro-estense di Vienna, rispettivamente parte I, parte V e parte VI