Nel complesso documentario è possibile distinguere tre fondamentali periodi: periodo dal 1772 al 1796 con seguiti fino al 1802, durante il quale il grosso della documentazione sembra costituito dall'archivio del dicastero dei riformatori degli studi (vedi Archivio per materia ) e riguarda di conseguenza, oltre che la gestione dell'università, quella altresì delle scuole di rango inferiore (scuole " basse "); la documentazione di questo periodo comprende anche quella della commissione seconda per l'educazione e l'istruzione pubblica della repubblica cispadana; periodo dal 1802 al 1814, durante il quale l'università scomparve come tale per trasformarsi in semplice liceo dipartimentale; periodo dalla restaurazione in poi, durante il quale si può senz'altro parlare di archivio vero e proprio dell'università, anche se quest'ultima, ripristinata nell'autunno del 1814, attraversò dal 1823 al 1848 un momento di grave crisi, dovuta al miope e sospettoso conservatorismo di Francesco IV.
L'inventario parziale riguarda la documentazione fino al 1861