L'amministrazione della giustizia dipendeva in linea di massima dal podestà  [Alcune cause speciali erano di competenza esclusiva del capitanio, come le cause dei comuni e dei luoghi pii del Territorio, o dei camerlenghi, come i processi di contrabbando in prima istanza, quando si trattava di pene pecuniarie]  il quale poteva esercitarla direttamente o mediante giudici scelti. Vi era pertanto una magistratura giudicante veneziana formata dal podestà e dai suoi assessori  [Gli assessori, in numero di quattro, formavano la corte pretoria ed erano costituiti dal vicario e dai giudici del malefizio, dell'aquila e delle vettovaglie]  ed una magistratura locale detta dei giudici pedanei o da basso, fornita dal sacro collegio dei giudici ed avvocati  [L'aggregazione a tale collegio era subordinata al fatto di appartenere al sacro collegio dei giuristi; a motivo di ciò il collegio dei giudici era detto " una porzione eletta del collegio dei giuristi"]  : da qui la distinzione degli uffici giudiziari in superiori o inferiori. Eccezion fatta per cause di competenza esclusiva di determinati giudici  [Così, ad esempio, le cause relative ai Veneziani, ai luoghi pii della città, ai fedecommessi, di competenza esclusiva del podestà; tutte le questioni civili fra le fraglie e per danni dati, che erano deferite al giudice delle vettovaglie; e così via]  , le cause civili ordinarie, con importo superiore a lire cento, potevano essere portate davanti a qualunque giudice. Le cause civili sommarie, con importo inferiore a lire cento, erano invece di regola riservate ai giudici pedanei  [Anche qui però alcune cause erano riservate al podestà (ad esempio, cause per eredità, contratti stipulati in tempi di fiere e mercati); le cause relative all'annona erano devolute al giudice delle vettovaglie]  La procedura di appello prevedeva che le sentenze emanate dai giudici di palazzo o pedanei dovessero essere portate in seconda istanza presso uno degli assessori; in terza istanza presso il podestà, il che era possibile solo nel caso in cui la seconda sentenza non fosse stata conforme alla prima.
Le sentenze prodotte in prima istanza da uno degli assessori o addirittura dal podestà o capitanio passavano in seconda istanza rispettivamente al podestà o ai tribunali superiori di Venezia.
L'amministrazione della giustizia nel territorio si differenziava a seconda che si trattasse di podesterie maggiori (Este, Montagnana, Monselice, Cittadella) o minori (Camposampiero, Castelbaldo e Piove di Sacco). Le prime avevano la giurisdizione civile di prima istanza e una giurisdizione criminale minore  [ai danni arrecati alle campagne e quelle in materia di annona del giudice delle vettovaglie; le contravvenzioni in materia sanitaria dei provveditori di sanità. Il giudizio sui processi contro militari e impiegati di basso rango apparteneva al capitanio]  (per gli appelli e per i crimini maggiori era competente Venezia); le altre, unitamente alle vicarie, dipendevano dal foro di Padova.