Per le cause criminali la magistratura competente era una sola, presieduta dal giudice al malefizio. A lui infatti ordinariamente venivano presentate le accuse e le difese, a lui toccava istruire il processo anche se il potere decisionale spettava al podestà e alla sua corte.
I processi più importanti venivano avocati dal consiglio dei dieci, il quale poteva però delegarli al podestà che in questo caso ne deferiva la istruzione al cancelliere pretorio  [Questo iter interessava solo la parte formale, in quanto in luogo dei notai scrivevano i cancellieri; la direzione del processo restava sempre al giudice del malefizio]  Le cause che per legge non comportavano la procedura criminale ordinaria venivano definite dal podestà  [Ad esempio: giochi proibiti, turbamento del quieto vivere, incette e contraffazione di commestibili]  o dal giudice al malefizio con procedura sommaria.
Per quanto riguarda il territorio, mentre le podesterie minori (vedi Archivi giudiziari civili ) e le vicarie dipendevano dal foro di Padova, le altre podesterie avevano una giurisdizione criminale per i reati minori. Per i delitti gravi era come al solito competente Venezia, salvo espressa delega al podestà di Padova.
Tutti gli appelli  [Limitatamente però a motivazioni di ordine procedurale nel caso di sentenze emesse dai reggimenti con corte; in merito era possibile sindacare solo nel caso di sentenze troppo miti o assolutorie] 
venivano presentati alla magistratura veneziana del consiglio dei quaranta  [Cfr. altresì Lettere avogaresche ]  Nel caso di processi delegati al podestà col rito del consiglio dei dieci  [La delegazione col " rito ", che era caratterizzata da estrema segretezza, era la suprema autorità del consiglio delegata al reggimento. La delegazione servatis servandis invece era una facoltà più limitata e non comportava l'obbligo della segretezza. Per altri particolari sui procedimenti penali cfr. G. FERRARI,L'ordinamento giudiziario a Padova... citata.]  il giudizio di appello spettava invece al consiglio stesso.