Fondato intorno al 1410 da Baldo dei Bonafari di Piombino e dalla di lui consorte Sibilla De Cepto, per dare asilo agli infermi poveri, fu costruito verso la metà del 1400 nei pressi della chiesa e del monastero di S. Francesco. Per disposizione testamentaria della De Cepto, il patronato ed il governo delle fabbriche e dei beni dell'ospedale fu affidato al collegio dei dottori in legge che ne assunse l'esercizio effettivo nel 1446. Il collegio esercitava il suo potere a mezzo di una deputazione costituita da dodici dei suoi membri e presieduta dal priore del collegio stesso. Nel 1798 l'ospedale veniva trasferito nell'attuale edificio, assumendo da allora il nome di ospitale civile  [Per una storia completa e dettagliata di tale istituto cfr. A. ANTONELLI, cenni storici sull'origine e sulle vicende dello spedale civile di Padova e rendiconto morale economico per gli anni 1872-73, Padova 1885]