L'archivio del comune, con un materiale documentario qualitativamente e quantitativamente rilevante, comprende, oltre alla serie degli statuti, il più antico dei quali è del 1279, e a quella degli atti deliberativi ed esecutivi dei priori delle arti, la documentazione. contabile prodotta dai principali organi dell'amministrazione finanziaria del comune, massari e conservatori della moneta, nonché la serie dei catasti.
Le prime notizie sull'antico archivio del comune risalgono al 1290. In tale anno, con una riformanza del consiglio dei consoli e dei rettori delle arti, venne disposta l'elezione di un custos registrorum e di un notaio incaricati della custodia dell'archivio. Il complesso delle scritture, conservate inizialmente presso la chiesa di S. Domenico, fu trasferito, insieme con altri atti di più recente formazione, nel palazzo dei priori, nella stanza appositamente destinata nel 1339 all'" armario " dei libri del comune, nella quale dal 1361 furono conservati anche i volumi dei catasti. Il più antico inventario dell'archivio è costituito dal cartilogium  [E' stato integralmente pubblicato da G. DEGLI AZZI, Per la storia... cit. in bibliografia, [parte I], pp. 50-99 ]  del 1341 (il n. 6 e il n. 7 della serie Inventari), ch e fornisce una descrizione particolareggiata del contenuto di 18 sacchetti: documenti relativi soprattutto al sec. XIII, ma anche al secolo precedente. Molte di tali scritture sono identificabili con le copie di atti contenute nei volumi delle Sommissioni, già esistenti quando fu redatto il ca rtilogium stesso.
L'archivio, riordinato all'atto del suo trasferimento nell'attuale sede, è provvisto del già citato inventario a stampa curato dal Cecchini, il quale ha raggruppato il materiale, per quanto è stato possibile, " sotto le magistrature e sotto il titolo che ne ha determinato la produzione "  [Cfr. CECCHINI, p. XI ]  conservando nella intitolazione dei fondi o serie le denominazioni tradizionali e discostandosi, solo quando necessario, dal precedente ordinamento curato da G. Belforti nel 1790-1792.
Nell'inventario manoscritto compilato dal Belforti  [Di un successivo riordinamento dell'archivio, affidato alla fine dell'800 ad Alessandro Bellucci, viene fatta menzione nella pubblicazione dello stesso archivista, Inventario dell'archivio comunale di Perugia ... cit. in bibliografia ]  di consistenza relativi ai numerosi registri di sentenze civili e penali dei secc. dal XIII al XVI, aggregati, agli inizi del '900, da Giustiniano Degli Azzi agli archivi dei tribunali che avevano operato nei periodi successivi. Nell'elenco del Degli Azzi, datato 11 settembre 1906, è mantenuta la denominazione delle serie già attribuita dal Belforti: la stessa con la quale sono tuttora identificabili gli archivi giudiziari, non descritti nell'inventario del Cecchini, pubblicato nel 1956.
A prescindere da tale documentazione, è stato inventariato dal Cecchini l'intero " archivio storico " così come si era venuto a costituire presso il comune al momento del passaggio all'Archivio di Stato. Alcuni dei suoi fondi, a stretto rigore non appartenevano originariamente al comune, ma erano pervenuti ad esso solo in un secondo tempo, nella mancanza di un altro istituto che raccogliesse le memorie cittadine: così, ad esempio, gli archivi dei collegi delle arti e delle aziende di commercio, collocati in questa voce nella parte III, mentre l'archivio del tesoriere apostolico, organo periferico dell'amministrazione finanziaria pontificia è stato collocato dopo l'archivio del governatore. Per il resto la presente descrizione dell'archivio comunale si uniforma sostanzialmente a quella consacrata nell'inventario del Cecchini e ne segue la disposizione dei fondi, rispettando le antiche denominazioni in esso recepite. Sono state collocate nella parte III le serie che per intero si riferiscono al periodo napoleonico o alla restaurazione, assieme alle altre serie che iniziano dal 1870, versate o depositate di recente: non sono state invece spezzate quelle serie che, iniziando secoli prima, continuano nei suddetti periodi.