Si conservano sunti d'estimo, quaderni di riparto d'estimo, debitori e creditori d'estimo, catasti ed estimi.
Insieme a quelli dei secoli successivi vi sono anche estimi del sec. XV. Più precisamente, il primo registro è un estimo di Pietrasanta  [In provincia di Lucca]  degli anni 1405-1407; vi è poi, di seguito, un registro contenente le prestanze dei cittadini Pisani dell'anno 1407 (per la taglia del 1402, vedi Esattore della taglia ), nonché una distribuzione della taglia della città di Pisa incamerata il 21 novembre 1412 (reg. 1) e una imposta di fiorini 4 per lira da pagarsi dai contadini di Pisa a giugno e settembre 1417 (reg. 1). Vi sono inoltre i registri relativi agli estimi e ai catasti di Pisa e contado a partire dal 1427. Per Pisa tali registri si fermano al 1430, per il contado arrivano al 1491. Originariamente estimi e catasti del sec. XV non dovevano far parte dell'archivio dei fossi; infatti, in questo periodo, essi furono curati, per lo più, dai consoli del mare e anche l'esecuzione dell'estimo del contado pisano del 1543 fu affidata dagli Otto provveditori fiorentini sopra le cose di Pisa a tre commissari. Dal 1587 sappiamo però con esattezza che il ministro dell'estimo doveva riscontrare le liste dei debitori d'estimo con i libri relativi: in questo ufficio saranno quindi confluiti gli estimi precedenti. Più tardi, nel sec. XVII, toccò al magistrato dei surrogati curare l'estimo Pisano del 1622, che succedeva a quello del 1543. Anche questo estimo, con le volture successive, è qui conservato.
Inoltre sono conservati 15 registri di Lirette delle comunità di Pisa, Cascina, Bagni San Giuliano (San Giuliano Terme), Vecchiano, Peccioli, Capannori  [In provincia di Lucca]  ed altre. Queste Lirette sono elaborate negli anni 1816-1817 ad eccezione di una Liretta della comunità di Pisa compilata l'anno 1812. Questo registro è diverso per scrittura e per caratteristiche esterne dagli altri e potrebbe essere appartenuto alla mairie di Pisa. Tuttavia è sicuramente confluito nell'archivio dell'estimo subito dopo la restaurazione perché la numerazione vecchia interna di serie lo unisce agli altri.
Le giustificazioni d'estimo comprendono atti elaborati durante il periodo francese (1808-1814). Si tratta, come dice il titolo, di giustificazioni, di fedi di notai, di attestati di morte rilasciati dai parroci, di estratti dai registri degli atti di morte, dello stato civile di varie mairies rilasciati per volture o cassazioni di poste di estimo; talvolta vi sono anche richieste di volture. I documenti dovettero essere conservati dai maires a cui sono rivolte, in queste stesse filze, le domande per volture. Soppressi i maires e ripristinati i cancellieri, tali atti devono essere riconfluiti nell'archivio generale dell'estimo per gli opportuni riscontri con gli estimi qui conservati. Altri otto registri, che contengono pure giustificazioni di estimo, furono elaborati in un periodo posteriore (1814-1820).
Nella sottoserie Atti vari riguardanti l'estimo una busta contiene documenti dal 1808 al 1821. Si tratta cioè di estratti delle volture effettuate dal maire di Peccioli per i luoghi appartenenti al territorio della vecchia comunità di Peccioli. Gli estratti sono elaborati e sottoscritti, dalla seconda metà del 1814, dal ripristinato cancelliere di Peccioli per essere evidentemente inviati, per gli opportuni riscontri estimali, all'archivio generale dell'estimo nell'ufficio dei fossi. La stessa busta contiene minute di corrispondenza tra il ministro generale dell'estimo e i cancellieri delle comunità della provincia pisana per gli anni 1815-1821. Negli Atti vari riguardanti l'estimo un registro contiene atti del 1814 e un altro del periodo 1815-1820.