L'archivio si compone di raccolte di documenti (originali, ma soprattutto copie) legate in volumi che sono per la maggior parte contraddistinti dal nome del commissario pro tempore. L'archivio, che per disposizione pontificia doveva conservarsi in locali annessi alla abitazione del commissario stesso, era dislocato, almeno fino al sec. XVIII, nel palazzo detto della " dogana di terra " a piazza di Pietra  [Giulio Sperandini, ex commissario generale, non essendo più in condizioni di pagare l'affitto dei locali a piazza di Pietra, in una lettera del 1° mar. 1798, chiedeva al " cittadino Maffei " istruzioni sul da farsi relativamente all'archivio, alla biblioteca e a varie posizioni che si trovavano presso di lui e che dovevano essere riarchiviate: vedi AS ROMA, Miscellanea camerale per materia, Archivio della Camera apostolica, b. 4 ]  Durante il periodo napoleonico anche questo archivio fu trasferito a Parigi  [AS ROMA, Miscellanea camerale per materia, Archivio della Camera apostolica, b. 4/5; M.GACHARD, op. cit., p. 23]  Non si può dire con certezza se fu in quella occasione, o al momento in cui fu incamerato dallo Stato italiano, che l'archivio venne depauperato di alcune serie, peraltro conservate anch'esse in Archivio di Stato separatamente o incluse in altri fondi. Facevano parte dell'archivio del Commissario con molta probabilità: innanzi tutto una delle collezioni di chirografi che attualmente sono collocate fra le serie di registri della Camera apostolica (vedi Registri camerali conservati in computisteria, Chirografi pontifici ); in secondo luogo una delle collezioni dei bandi attualmente conservate in maniera autonoma (vedi Bandi ); in terzo luogo l'archivio delle Congregazioni particolari deputate ; infine gli inventari antichi della camera Apostolica conservati nella raccolta Manoscritti della biblioteca dell'AS Roma , nonché alcuni degli inventari conservati nella Miscellanea camerale per materia, Archivio della camera apostolica . Inoltre molti volumi di legislazione e di carattere amministrativo conservati nella biblioteca dell'Archivio di Stato provengono dalla dispersa biblioteca del Commissario generale