scritture non appartenenti alla congregazione bensì agli uffici che ad essa si sostituirono nei due periodi della repubblica romana del 1798-1799 e dell'impero francese 1809-1814. Vi sono compresi numerosi rendiconti relativi all'amministrazione pontificia del 1800-1809, presentati durante il periodo napoleonico.
Le scritture del periodo repubblicano e del periodo delle amministrazioni provvisorie(atti della cesarea regia commissione civile residente in Senigallia, poi in Ancona, e della suprema giunta di governo in Roma) non sono molte; più ricca è la documentazione del periodo imperiale, soprattutto per il territorio della prefettura del dipartimento di Roma. Come già accennato, nel periodo imperiale le funzioni del Buon governo furono esercitate per lo più dalle prefetture dei dipartimenti, ma mentre il Buon governo non aveva giurisdizione sulla città di Roma, l'ebbe ovviamente la prefettura. Pertanto molta documentazione di questa serie si riferisce alla città, specie in materia di lavori pubblici; alcuni atti si riferiscono alla Commissione per gli abbellimenti di Roma, della quale esiste a parte un piccolo archivio (cfr. Commissione per gli abbellimenti di Roma ). Le scritture della prefettura di Roma si riferiscono a tutta la giurisdizione della prefettura stessa (dipartimento del Tevere), con le sottoprefetture dei circondari di Frosinone, Rieti, Tivoli, Velletri e Viterbo.
Vi è anche documentazione del bureau de' ponti, argini e lavori pubblici, ufficio della prefettura di Roma che aveva ampie competenze in materia di acque e strade, ponti, fiumi, paludi, acquedotti, fontane, caserme, prigioni, chiese, ospedali, ospizi, scuole, monumenti, scavi, teatri, archivi, biblioteche, giudicature di pace, corte imperiale e tribunali.
In questa serie vi sono anche scritture relative alla prefettura di Spoleto, dipartimento del Trasimeno, con le sottoprefetture di Perugia, Todi, Foligno.
Fanno parte della serie III anche le scritture del Conseil de liquidation des Etats romains competente cioè sia per i territori già pontifici uniti all'impero francese, sia per quelli uniti al regio d'Italia (non la Romagna, che non era più tornata allo Stato pontificio dopo il periodo repubblicano). Gli affari trattati dal consiglio di liquidazione si riferiscono all'amministrazione dei beni già comunitativi devoluti alla Camera apostolica ed ai rendiconti di varie tasse della precedente amministrazione pontificia, dalla prima restaurazione alla nuova cessazione del potere temporale (1800-1809; per le Marche 1800-1808). Vi sono pure alcune scritture delle province non pontificie che fecero parte del regno d'ltalia