Istituita con la costituzione Quod divina sapientia di Leone XII del 28 ag. 1824  [Raccolta Stato pontificio, 1831-1833, II, Appendice, pp. 137-196]  fu il dicastero centrale per la pubblica istruzione, materia considerata attinente più alle attività spirituali che a quelle temporali.
Per i precedenti, accenniamo alle commissioni o congregazioni istituite per l'università di Roma: da Leone X nel 1513, da Sisto V con la decima congregazione, che ebbe competenza anche sulle università straniere fondate da pontefici; vedi anche i brevi di Giulio III Dum attentae sollecitudinis del 23 genn. 1552 e Pastoralis officii del 27 mar. 1552.
Pio VII volle richiamare in vita la congregazione sistina e nominò una commissione cardinalizia per riorganizzare la materia degli studi (art. 247 del motuproprio 6 lu. 1816).
La congregazione fu trasformata in ministero della istruzione pubblica con il motuproprio del 29 dic. 1847, con competenza su tutto ciò che si riferiva al pubblico insegnamento, salvi i diritti dell'autorità ecclesiastica. Ne dipendevano le università, i collegi, le scuole, le biblioteche, le accademie e istituzioni scientifiche e letterarie e in genere tutti gli stabilimenti per l'istruzione pubblica sia scientifica che industriale.
Unico caso fra i ministeri, ritornò ad essere una sacra congregazione dopo la restaurazione Del 1849. Il prefetto degli studi non faceva parte del consiglio dei ministri