L'archivio è suddiviso secondo un titolario per materie: Affari di massima, contabilità e personale, Acque, Porti nazionali, Fiumi nazionali, Bonificazione pontina, Lavori consorziali, Attivazione di opifici, Conduzioni di acque, prosciugamenti di laghi e stagni, strade nazionali, provinciali, comunali e urbane, Ferrovie, Fabbriche e telegrafi, Belle arti, monumenti, pitture, sculture, mosaici, accademie e società letterarie, scuole, concorsi, esposizioni, escavazioni, estrazioni, vendita di oggetti d'arte, Statistica, Pesi e misure, Commercio, industria e marina, Fabbriche e manifatture, Fiere e mercati, Invenzioni e privilegi, Cave e miniere, Pesca, Caccia, Camere di commercio, cambiavalute, periti, sensali, tasse di commercio, Marina mercantile, approdi e partenze delle navi, passaporti marittimi e lettere di comando, vendite e cessioni di bastimenti, naufragi, sussidi e premi, costruzioni e iscrizioni di navi, sanità e polizia dei porti, marinai, tasse di marina, Agricoltura, boschi e ripe, coltivazioni, raccolti, pascoli, bestiame, importazioni ed esportazioni, piantagioni di alberi, accademie, stabilimenti, commissioni, esposizioni agrarie, boschi e foreste, ripe del Tevere, emporio di marmi e legnami, Contabilità, Gabinetto, affari riservati, Affari speciali.
Comprende anche documentazione dei dicasteri precedenti. Il titolo Gabinetto, affari riservati, inizia dal 1849; Affari speciali ed Estrazioni di oggetti di belle arti dal 1826; Consuntivi e preventivi dal 1833. I registri di protocollo iniziano dal 1847, le rubricelle dal 1848.
Nella Prefettura generale di acque e strade poi Ministero dei lavori pubblici vi è documentazione di questo ministero: Contabilità per lavori pubblici, sino all'anno 1866. Altra documentazione, dal 1849 al 1869, in Miscellanea camerale per materia, Tevere .