L'archivio comprende: Atti amministrativi, Affari speciali (dal 1801: studi e proposte di riforme, legislazione, udienze del pontefice, consiglio economico militare, ordini del giorno - del ministero, del comando generale, del comando della piazza di Roma, dei comandi di divisione - personale, reclutamento, cadetti, armeria vaticana, artiglieria, genio, sanità, tribunale militare, truppa provinciale, marina militare, corpi militari vari, truppe estere, testamenti, monte delle vedove, decorazioni e medaglie, prigionieri e morti in guerra, disertori, brigantaggio), Rassegne (distinte per corpi), Corrispondenza di gabinetto dal 1822, Commissione di censura, Consiglio di guerra, Commissione straordinaria dei giudizi di brigantaggio, Corpi vari (arruolamenti e fascicoli personali), ordini di pagamento, Contabilitàe contratti dal 1817, Stato maggiore militare dal 1860, Comando della prima divisione militare 1852-1857, Comando generale delle truppe nel 1860, Registri di contabilità, Matricole di tutte le armi, Ufficio stralcio (sino al 1880, particolarmente ricco).
Nell'archivio sono inseriti: documentazione dei dicasteri precedenti (Congregazione militare e Presidenza delle armi) e l'archivio dell'Uditorato militare della prima divisione. Le rubriche e i protocolli comprendono, con lacune, anche quelli della Congregazione militare, della Presidenza delle armi, del Consiglio di guerra, del Consiglio di revisione, dello Stato maggiore militare, del Comando della prima divisione, dell'Uditorato generale militare e dell'Uditorato militare della prima divisione.
Documentazione del ministero si trova anche in Miscellanea del periodo costituzionale .