La documentazione proviene prevalentemente dall'archivio di mons. Nicola Maria Nicolai, dal Tribunale criminale del governatore e dall'archivio della camera apostolica. Dopo il riordinamento del 1963 furono inoltre aggregati alla miscellanea altri piccoli fondi (spezzoni di archivi privati, collezioni, raccolte) fino a quel momento o senza collocazione, o conservati autonomamente, o infine conservati nella Miscellanea della soprintendenza. se ne segnalano alcuni. Archividi famiglie e di persone (spezzoni): Comneno di Tessaglia Angelo, Giraud, Lavaggi, Lugari Sciarra Colonna. Collezioni: autografi di gesuiti, autografi di Pio VII e di Napoleone I, autografi di pontefici. collezione Camuccini, collezione Gunther di autografi, collezione Gunther di autografi di cardinali. Raccolte: autenticazione di reliquie di santi, dispense matrimoniali, documenti della Congregazione dei brevi, documenti sulla galera S. Pietro, documenti del Vicariato di Roma, documenti della Compagnia di Gesù, sigillari romani. A partire dal 1976 archivi e raccolte di piccola consistenza, acquisiti per dono o per acquisto, sono stati tolti da questa Miscellanea e inseriti nella nuova collezione Acquisti e doni .