Nell'archivio, oltre alle carte prodotte dalla direzione generale di Siena, vi sono anche quelle degli uffici del registro dipendenti di Siena e Rapolano.
Sono qui conservati anche documenti posteriori alla fine della dominazione francese, così come negli archivi degli uffici periferici dipendenti dall'Amministrazione generale del registro e aziende riunite - l'amministrazione che durante la Restaurazione successe a questa - sono presenti registri anteriori al 1814 (vedi Amministrazione generale del registro e aziende riunite, Direzione e ufficio di Siena ). ciò è spiegato dal fatto che l'Amministrazione del registro e demanio negli uffici periferici continuò a funzionare anche dopo il ritorno di Ferdinando III e vi fu una inevitabile commistione di archivi