L'indice del 1669 (vedi Statuti, capitolari, indici, titolari, indici ), descrive analiticamente due miscellanee, Materie miste notabili e Materie diverse notabili, che raccoglievano registri, filze, processi della più diversa natura e contenuto, facenti capo in varia guisa al collegio e al senato, riuniti dalla cancelleria in ragione del loro interesse politico, amministrativo, finanziario, economico, militare e perché non rientravano o erano difficilmente collocabili in altra posizione, a volte a motivo delle loro stesse dimensioni. Le due serie andarono poi disciolte e disperse. Negli anni sessanta si procurò di ricostruirle, riunendole sotto il titolo della prima e ricercandone i singoli componenti nelle moderne miscellanee (specialmente: Codici e Codici ex-Brera ; Atti restituiti dall'Austria , confluiti in parte nella Miscellanea codici) e in serie d'archivio (quali Senato, Dispacci provveditori da terra e da mar , Collegio, Relazioni ) dove erano stati impropriamente inseriti. Non si è creduto invece di poter rimuovere quei pezzi ormai incorporati in fondi assai noti e citati ( Consultori in iure , Camera dei confini ) il cui riordinamento pone più gravi problemi.
Altro materiale venne trasferito nel settecento alla Pubblica libreria (attuale Biblioteca nazionale marciana). L'inventario, compilato sulla scorta di quello antico, dà pure notizia degli elementi finora non rintracciati, per consentirne la ricollocazione in caso di successivo reperimento. In coda sono state aggiunte altre unità di sicura appartenenza alla secreta, sebbene non riferibili a serie particolari, evitando tuttavia ogni attribuzione non documentata o fondata solo su criteri generici