Tra le principali miscellanee di origine ottocentesca figuravano la Miscellanea codici (un migliaio di pezzi) e la Miscellanea codici ex-Brera (pezzi 400 ca.), quest'ultima formata da materiale trasferito nel 1797 dai francesi alla Biblioteca braidense di Milano, quindi passato a Vienna e restituito dall'Austria in forza del trattato 14 lu. 1868. Entrambe considerate in passato parte della biblioteca dell'AS Venezia, raccoglievano, accanto a testi di carattere storico-letterario, moltissime filze e registri d'archivio che non avevano trovato immediata sistemazione nelle rispettive serie o per varie ragioni ne erano stati distolti.
Il riesame e la ricollocazione di questi pezzi nella posizione originaria, come più volte tentato in precedenza, furono compiuti negli anni sessanta, dando luogo tra l'altro alla identificazione e ricomposizione di alcuni piccoli archivi e serie ( Secreta, Archivi propri degli ambasciatori , Archivi di personaggi diversi , Materie miste notabili ; Archivio privato Correr ).
Il materiale residuo, di natura non archivistica oppure non riconducibile ad altra collocazione o di recente acquisto, rimase nella nuova miscellanea codici (nuovo ordinamento), arricchita da pezzi sciolti di varia provenienza (altre miscellanee, Atti restituiti dall'Austria, materiale da ordinare ) e suddivisa nelle 5 serie seguenti