L’organizzazione amministrativa francese fu estesa per la prima volta in Italia al Piemonte. Con d. del Jourdan del 6 fiorile a. IX / 26 apr. 1801 (  Bollettino degli atti  , n. 3, pp. 37 e ss.) fu pubblicata la l. del 28 piovoso a. VIII / 17 feb. 1800 che conteneva le nuove disposizioni generali.
Con d. di Jourdan del 4 fiorile a. IX / 24 apr. 1801 in esecuzione del d. dei consoli del 12 germile / 2 apr. (  Bulletin des actes  , n. 2, pp. 13 ss.) il Piemonte fu diviso in 6 prefetture: Torino (dipartimento del Po), Alessandria (dipartimento di Marengo), Asti (dipartimento del Tanaro), Vercelli (dipartimento del Sesia), Ivrea (dipartimento della Dora), Cuneo (dipartimento della Stura). Con d. di Jourdan dell’8 fiorile a. IX (28 apr. 1801) furono nominati i prefetti e i sottoprefetti (  Bulletin des lois  , n. 3, pp. 47 e ss.). Il 24 fruttidoro a. X / 11 sett. 1802 con  senatusconsulto  organico i 6 dipartimenti piemontesi furono riuniti al territorio della repubblica francese (  Bulletin des lois  , bull. 214).
Con d. imperiale del 17 pratile a. XIII / 6 giu. 1805 fu soppresso il dipartimento del Tanaro (  Bulletin des lois  , bull. 47, n. 791): il circondario di Asti entrò a far parte del dipartimento di Marengo; quello di Acqui nel dipartimento di Montenotte; quello di Alba nel dipartimento di Stura. Inoltre il circondario di Ceva passava al dipartimento di Montenotte e i circondari di Bobbio, Voghera e Tortona dal dipartimento di Marengo passavano a quello di Genova.
Sempre il 17 pratile a. XIII / 6 giu. 1805 con altro d. imperiale (  Bulletin des lois  , bull. 49, n. 816) il territorio della repubblica ligure fu diviso in tre dipartimenti: Genova (capoluogo Genova), Montenotte (capoluogo Savona), Appennini (capoluogo Chiavari). Con d. imperiale del 2 termidoro a. XIII / 21 lu. 1805 furono impartite disposizioni relative all’amministrazione degli stati di Parma, Piacenza e Guastalla. L’amministratore generale avrebbe esercitato le funzioni di prefetto. Venivano istituiti 4 circondari sottoposti a un suddelegato: a Parma, Piacenza, Borgo San Donnino e Guastalla (  Bulletin des lois  , bull. 53, n. 876).
In Toscana le prefetture furono provvisoriamente istituite con d. imperiale 18 feb. 1808 (  Raccolta  , d. 22 apr. 1808; pp. 81 e ss.). Con l’annessione alla Francia il  senatusconsulto  organico del 24 ma. 1808 (  Bulletin des lois  , bull. 193, n. 3408) riconfermò la suddivisione provvisoria nei tre dipartimenti dell’Arno con capoluogo Firenze, dell’Ombrone con capoluogo Siena, del Mediterraneo con capoluogo Livorno.
Con lo stesso  senatusconsulto  fu istituita, in luogo dell’amministrazione generale, la prefettura del Taro con capoluogo Parma.
Negli Stati Romani, annessi all’impero francese con d. del 17 mag. 1809 (  Bollettino della consulta  , boll. 1, p. 3), furono istituiti due dipartimenti (d. 15 lu. 1809,  Bollettino della consulta  , boll. 14, pp. 308 e ss.): del Tevere con capoluogo Roma e del Trasimeno con capoluogo Spoleto.
La l. del 28 piovoso prevedeva inoltre l’istituzione, poi effettivamente realizzata in ogni dipartimento, dei seguenti organi: prefettura, consiglio di prefettura, consiglio generale di dipartimento, sottoprefetture e consigli di circondario.
Il prefetto era il fulcro del progetto accentratore voluto da Napoleone, la saldatura tra autorità centrale e amministrazione periferica. Era infatti nominato direttamente dal primo console (poi dall’imperatore) ed era la massima autorità dello Stato nel dipartimento, incaricato della pubblicazione, registrazione e applicazione delle leggi e della vigilanza sugli organi amministrativi a lui subordinati.
Aveva inoltre specifiche competenze, in corrispondenza con i ministri, in materia di: statistica; assistenza pubblica (poveri, mendicanti, vagabondi); ispezione e miglioramento degli ospedali, ospizi e prigioni; educazione pubblica e insegnamento; incoraggiamento, con l’impiego dei fondi pubblici stanziati per il dipartimento, dell’agricoltura e dell’industria; conservazione delle proprietà pubbliche; fiumi e foreste; costruzione e manutenzione di strade, canali e altre opere pubbliche; conservazione delle chiese e degli stabili relativi ai culti religiosi; salute, sicurezza e tranquillità pubblica; infine servizio della guardia nazionale.
Il prefetto nell’ambito della propria vigilanza sugli altri organi della amministrazione civile dello Stato e soprattutto sui comuni: decideva sui bilanci dei comuni, che gli erano sottoposti per l’approvazione, autorizzava lavori eccedenti l’ambito comunale, omologava le delibere. Nell’espletamento delle sue funzioni era di diritto presidente di varie commissioni, tra cui quelle per gli stabilimenti di pubblica beneficenza, per gli ospedali e per gli ospizi. Presiedeva inoltre il consiglio di prefettura. Era coadiuvato da un segretario di prefettura, che lo sostituiva in caso di assenza o malattia.