Sebbene lo sfruttamento e il commercio del sale abbiano origini molto antiche, le prime notizie documentate sull'esistenza di una dogana del sale a Siena risalgono al sec. XIII. In quest'epoca, infatti, la vendita del sale era monopolio del comune e costituiva una discreta fonte di reddito. Il comune imponeva ai cittadini e alle comunità soggette la quantità di sale da acquistare ad un prezzo prefissato che poteva variare da luogo a luogo. Nel 1323 fu istituito un organo denominato Monte e sale che era allo stesso tempo un monopolio e una banca. Alla fine del sec. XIV il comune, non essendo in grado di far fronte al debito pubblico, stabilì che si corrispondesse ai creditori una rendita annua sul capitale prestato tratta dai proventi del sale. Per offrire, poi, maggiori garanzie al debito pubblico furono unite insieme le amministrazioni del sale, dei paschi e del biado. L'unione fra queste tre magistrature fu però temporanea e già nel 1519 esse risultano separate. Pochi anni prima della riforma del 1561 alla dogana del sale fu unita la grascia. La riforma non apportò, poi, sostanziali modifiche e la magistratura assunse il nome di magistrato del sale e grascia. Con le riforme amministrative di Pietro Leopoldo, la dogana del sale fu soppressa e le sue competenze passarono alla dogana e alla depositeria