Quando Pisa passò definitivamente sotto la dominazione fiorentina, nel 1509, vi fu inviato un commissario con funzioni amministrative e giudiziarie, sia civili che criminali. La sua giurisdizione si estendeva su Pisa e dintorni. Una provvisione del 17 nov. 1593 stabilì che il territorio della valle di Calci passasse nella giurisdizione del commissariato di Pisa per il civile e per il criminale, pur restando inserita amministrativamente in quella del vicario di Vicopisano. Con bando del 23 marzo 1634 anche la podesteria di Ripafratta passò per il criminale dalla giurisdizione del vicario di Vicopisano a quella del commissario di Pisa. Con legge 30 sett. 1772 [Bandi Toscana, cod. VI, n. LXXVIII] sul compartimento dei tribunali di giustizia furono attribuite a un vicario, col titolo di auditore, le funzioni di giudice ordinario, sia nel campo civile che nel penale, già proprie del commissario, cui rimanevano le funzioni amministrative derivanti dall'essere, nella provincia, supremo rappresentante del granduca. Tra i suoi compiti di sorveglianza sugli affari comunitativi era però escluso il controllo finanziario che spettava all'ufficio dei fossi. Con il motuproprio 22 febbr. 1778 [Ibid., cod. IX, n. XVII] fu soppresso il magistrato di sanità e anche le sue funzioni passarono al commissario. Con editto del 12 ott. 1782 [ Ibid., cod. XI, n. XCIV] fu soppresso l'auditore dell'ufficio dei fossi e comunità e le sue competenze passarono all'auditore del commissariato coadiuvato da un vicario per " tutti gli affari pettorali e i piccoli affari di polizia "; giudice d'appello dell'auditore del commissariato divenne il tribunale dei consoli del mare: i priori cessarono così di essere giudici di appello del tribunale del commissariato, giudicando solo in prima istanza le cause interessanti la comunità di Pisa. Con legge 30 nov. 1786 [ Bandi Toscana, cod. XIII, n. t. IX] fu data al vicario la qualifica di ministro di polizia che comportava la facoltà di condannare a pene di scarsa entità " economicamente ", per " trasgressioni e delitti di polizia ", riferendone poi settimanalmente al presidente del buon governo. Nel 1794 [ Cfr. notificazione del 2 giugno del motuproprio del 26 maggio (Bandi Toscana, cod. XV, n. CLXXXIV)] veniva conferito al commissario il titolo di ministro superiore di polizia che, ai sensi della citata legge del 30 nov. 1786, comportava la facoltà di condannare a pene pecuniarie fino ad un massimo di lire 100 e al carcere per un periodo non superiore ad un mese, nonché ad altre restrizioni di libertà. Anche i delitti politici per giacobinismo furono risolti dal commissario alle dipendenze della deputazione di polizia di Firenze, senza intervento dell'auditore. Il commissario ebbe anche una limitata ingerenza in questioni militari, che si estesero a partire dal 1796.Il 29 maggio 1800 veniva affidato al commissario anche la sorveglianza sul bagno dei forzati, ferma restando al provveditore dell'ufficio dei fossi la parte finanziaria e annonaria. Nel 1802 gli veniva concessa la facoltà di comminare pene fino a tre anni di lavori forzati