Con la caduta di Firenze nelle mani delle truppe di Carlo V, avvenuta nel 1530, il sistema di assegnazione delle cariche per tratta fu rinnovato. Ancora prima della emanazione della costituzione del 27 apr. 1532 fu, nel 1531, bandito uno scrutinio generale che apportò notevoli innovazioni rispetto a quello indetto con provvisione del 23 ott. 1524. Inoltre le " ordinazioni " del 1532 riservarono al consiglio dei duecento e al senato dei quarantotto la elezione dei cittadini fiorentini i cui nomi dovevano essere imborsati per le tratte alle cariche più importanti, mentre i collegi, cioè i Dodici buonomini, eleggevano quelli da immettersi nelle borse per gli uffici secondari dentro e fuori Firenze. Durante il governo di Cosimo I e dei suoi successori gli scrutini generali furono tenuti sempre più saltuariamente e le cariche riservate alla nomina del sovrano crebbero di numero. Sotto Cosimo I all'ufficio delle tratte fu preposto un segretario, e gli affari di questa, che fu detta impropriamente " segreteria ", affidati al primo segretario; in un secondo tempo essi passarono alla competenza del segretario di guerra. Nell'archivio di questo ufficio si raccoglievano non più soltanto i documenti riguardanti gli scrutini, le imborsazioni e le tratte dei vari uffici del principato, ma anche le petizioni, il carteggio e le informazioni concernenti tutti gli uffici dello Stato sia " intrinseci " che " estrinseci ". Il motuproprio del 1750 sulla nobiltà e la cittadinanza modificò il sistema delle tratte, tanto che nel 1758 fu indetto un nuovo scrutinio generale. Questo sistema rimase in vigore fino alla abolizione della segreteria delle tratte che avvenne con motuproprio 14 sett. 1782