Istituito con il proclama del 31 mar. 1798 con le stesse attribuzioni dei provveditori alla sanità della repubblica di Venezia e con giurisdizione, per la sanità marittima, su Venezia e sul litorale, su Trieste, Istria, Dalmazia e Albania. Nel 1803, assunto il nome di collegio, fu posto alla dipendenza dell'aulico commissario di governo; riacquistata quasi subito la precedente denominazione, perse le attribuzioni della sanità continentale che furono trasferite al governo generale