Con decreto 25 lu. 1806 [ Bollettino regno d'Italia, 1806, n. 145] furono riunite tutte le attribuzioni, già di spettanza delle varie magistrature sulle acque, in quest'unico organo che era alle dirette dipendenze della direzione generale d'acque e strade con sede in Milano. Con successivo decreto 3 sett. 1806 [ Ibid., 1806, n. 185] si stabilì che l'ufficio fosse composto dai rappresentanti - da loro nominati - dei magistrati d'acque e strade, organi previsti dal decreto del 6 mag. 1806 [ Ibid., 1806, n. 73] nei dipartimenti veneti attraversati dai maggiori fiumi: due per il dipartimento dell'Adriatico ed uno per quelli dell'Adige, Basso Po, Brenta, Bacchiglione e Tagliamento. Il magistrato centrale era presieduto dal prefetto dell'Adriatico - assistito ed eventualmente sostituito da un ispettore generale - ed aveva specialmente il compito di giudicare " se i lavori particolari di un dipartimento siano innocui al sistema generale delle acque, all'uso della navigazione ed alla gelosa conservazione della Laguna ". Cessò in seguito al decreto 6 mag. 1808 [ Ibid., 1808, n. 120] e le sue attribuzioni vennero assunte dalla direzione generale di acque e strade in Milano .