La rota Pisana aveva una cancelleria che era in comune con quella dell'auditore del governo previsto dall'art. XLIV della legge 13 ott. 1814. Nella giurisdizione della rota di Pisa risultarono compresi i seguenti organi giudiziari: auditore del governo di Pisa con la podesteria di Bagni di San Giuliano (San Giuliano Terme); auditore del governo di Livorno con la podesteria di Rosignano (Rosignano Marittimo) [ In provincia di Livorno] magistrato civile e consolare di detta città; commissario regio di Pontremoli [ In provincia di Massa-Carrara] con la podesteria di Calice (Calice al Cornoviglio) [ In provincia di La Spezia] vicariato di Fivizzano [ In provincia di Massa-Carrara] con la podesteria di Albiano (Albiano Magra) [ Nel comune di Aulla in provincia di Massa-Carrara] vicariato di Bagnone [ In provincia di Massa-Carrara] vicariato di Barga [ In provincia di Lucca] vicariato di Pietra Santa (Pietrasanta) [ In provincia di Lucca] vicariato di Vico Pisano (Vicopisano); vicariato di Lari con le podesterie di Chianni e Peccioli (con l'antica sua giurisdizione estesa al soppresso vicariato di Laiatico); vicariato di Ponte d'Era (Pontedera) con la podesteria di Palaia; vicariato di Campiglia (Campiglia Marittima) [ In provincia di Livorno] con le podesterie di Guardistallo, Castagneto (Castagneto Carducci ) [ In provincia di Livorno] Monte Verdi (Monteverdi Marittimo). Nel 1816 la giurisdizione della rota pisana si ampliò includendo il commissariato di Volterra con la podesteria di Pomarance, il vicariato di Colle Val d'Elsa [ In provincia di Siena] con le podesterie di Barberino Val d'Elsa [ In provincia di Firenze] Poggibonsi [ In provincia di Siena] e San Gimignano [ In provincia di Siena] il vicariato di Piombino [ In provincia di Livorno] l'auditore di governo di Portoferraio [ In provincia di Livorno] con le podesterie di Longone (Porto Azzurro) [ In provincia di Livorno] e Marciana [ In provincia di Livorno]