Per il motuproprio di Pio IX 12 giu. 1847, già ricordato, la direzione, la disciplina e la gestione amministrativa delle carceri, luoghi di pena e case di condanna furono trasferite dal tesoriere generale al segretario della sacra consulta (che aveva comunque altre attribuzioni sulle carceri), alle dipendenze del segretario di Stato nella sua qualità di ministro dell'interno. Furono successivamente di esclusiva competenza del ministero dell'interno, per il motuproprio 29 dic. 1847, tutte le carceri tranne quelle di Roma, delle quali fu affidata al ministero di polizia la " direzione disciplinare ". Le carceri dipesero prima da una sezione, poi da una direzione generale del ministero dell'interno