Le competenze attinenti all'istruzione superiore appartennero dopo l'unità alla divisione seconda per le università del regno, da cui dipendevano anche le biblioteche universitarie. Dopo circa due anni passarono alla divisione terza per le università e gli istituti superiori e di perfezionamento (saltuariamente soppressa). Nel 1876 si ebbero due divisioni: una per le università e una per gli istituti superiori. Nel 1881 queste due divisioni confluirono nella divisione per l'istruzione superiore, le accademie scientifico-letterarie e le biblioteche. Le biblioteche dipendevano dopo l'unità dalla divisione prima; dopo circa due anni erano passate alla divisione seconda poi al provveditorato per le belle arti. Nel 1881 le biblioteche passavano nella divisione per l'istruzione superiore. Con r.d. 28 ott. 1885, n. 3464 - modificato nel 1889 con decreto n. 6483, e nel 1893 con decreto n. 165 - fu approvato il regolamento per le biblioteche pubbliche governative le quali erano distinte in biblioteche autonome e biblioteche universitarie. Il regolamento fu ulteriormente modificato con r.d. 18 giu. 1896, n. 261. Nel 1893 le biblioteche si staccarono dalla divisione che assunse allora la denominazione di divisione per l'istruzione superiore e costituirono una nuova divisione insieme agli affari generali cui si aggiunse il servizio per l'arte musicale e drammatica (vedi Divisione biblioteche e affari generali ). Nel 1895 queste due divisioni confluirono in un'unica direzione generale per l'istruzione superiore le biblioteche e gli affari generali, dalla quale ben presto si staccarono gli affari generali che confluirono in un ufficio del personale e degli affari generali. Nel 1901 le biblioteche furono nuovamente unite agli affari generali e costituirono insieme al gabinetto la divisione prima, mentre alla direzione generale costituita nel 1895 subentrava ora la divisione seconda, per l'istruzione superiore, trasformata nel 1908 in direzione generale per l'istruzione superiore, che divenne direzione generale per l'ordine universitario nel 1940; riassunse la precedente denominazione nel 1944. Le biblioteche nel 1926 si costituivano in direzione generale per le accademie e biblioteche