La chiesa, costruita per ordine del senato di Palermo nel 1482 sulla medioevale chiesa di S. Giacomo la Mazara, prese il nome dal vicino ospedale militare di S. Giacomo, al quale fu concessa nel 1620 per apprestare i sacramenti agli infermi. Nel 1734 ottenne le prerogative parrocchiali sui militari del quartiere di S. Giacomo e fu posta alle dipendenze del giudice della monarchia