Un primo fondamentale passo inteso a riunire in un unico istituto gli ospedali e le altre opere pie della città e contado di Modena fu compiuto nel 1541 con la creazione della cosiddetta santa unione. Non tutti gli stabilimenti entrarono però, almeno per allora, a far parte dell'ente; altri inoltre ne sorsero in seguito e rimasero autonomi fino a quando nel 1764 - a seguito della fondazione del grande ospedale civico e del grande albergo degli orfani e mendicanti - il vecchio istituto unitario non fu potenziato e trasformato nell'opera pia generale dei poveri, cui vennero devoluti i patrimoni di alcune confraternite e di numerosi piccoli monasteri soppressi nel quadro della politica giurisdizionalista (cfr. Magistrato poi Giunta suprema di giurisdizione sovrana ).
La definitiva organizzazione dell'opera pia fu attuata dall'economista Lodovico Ricci che, nel 1788, ne ricondusse l'amministrazione a tre nuclei fondamentali: ospedale, albergo, ritiro. Nel 1807 assume il nome di congregazione di carità, mutato poi nel 1829 in quello di intendenza generale e, nel 1839, in quello di congregazione generale delle opere pie. Dopo l'unificazione nazionale fu ripresa, come dovunque, la denominazione di congregazione di carità, fino a quando, in base alla normativa del 1937, non fu costituito l'ente comunale di assistenza, dal quale peraltro vennero ben presto scorporati gli istituti ospedalieri