L'origine della congregazione con funzioni amministrative e giudiziarie risale alla fine del pontificato di Paolo IV. Il pontefice, dopo aver esiliato il cardinal nepote Carlo Carafa sovrintendente a tutti gli affari dello Stato, deputò in sua vece una congregazione composta di quattro cardinali. Sisto V nel 1587 denominò tale congregazione " Congregazione sopra le consultazioni dello Stato ecclesiastico ", ne stabilì la composizione (oltre ai cardinali, il segretario di Stato in qualità di prefetto ed un numero di prelati, in genere otto, detti ponenti di consulta perché si distribuivano le province, i presidati e i governi con il nome di ponenze); ne fissò le competenze, cioè: ascoltare e spedirei consulti, i dubbi, le querele spettanti a cause civili, criminali e miste del foro secolare di tutto lo Stato pontificio. La congregazione esaminava inoltre i ricorsi dei vassalli contro i baroni dei feudi; giudicava sui sindacati dei governatori, moderava i monitori e l'inquisizione; si ingeriva negli affari della pubblica istruzione, delle immunità, dell'elezione dei magistrati e della formazione dei consigli ed altro. Il segretario, alle dipendenze del prefetto, regolava gli affari relativi alle deputazioni dei governatori e dei bargelli e spediva le " lettere d'ordine ". I giudicati della Consulta venivano eseguiti dal governatore di Roma. Clemente XII fece erigere sulla piazza del Quirinale il palazzo della Consulta ove furono sistemati gli uffici; il tribunale si riuniva, invece, nel palazzo di Montecitorio o nelle stanze del palazzo apostolico. La magistratura fu soppressa con ordine della Consulta straordinaria per gli Stati romani il 17 giugno 1809  [Bollettino Consulta Stati Romani, I, boll. 5, p. 59]  con decorrenza 1° agosto. Ripristinata il 1° luglio 1814 la congregazione subì notevoli cambiamenti; in particolare nel 1833 allorché essa si compenetrò con la segreteria di Stato per gli affari interni. Restò in vita il tribunale che era composto di un cardinale prefetto e di quattro prelati dei quali il più anziano era vice-presidente (tale composizione subì, successivamente alcune modifiche); giudicava in grado d'appello e di revisione tutte le cause criminali; in base al " regolamento organico di procedura criminale " del 5 nov. 1831  [Raccolta Stato Pontificio, 1831-1833, V, p. 154]  tutte le cause di lesa maestà (politiche) e quelle per i tagli d'alberi; provvedeva, inoltre, con la denominazione di " congregazione speciale di sanità " ad emanare le disposizioni sanitarie per garantire la pubblica incolumità. Con tali attribuzioni agì dal 1° gennaio 1832 al 20 settembre 1870, fatta eccezione per il periodo 1848-1849, poiché all'art. 4 dello statuto elargito da Pio IX il 14 marzo 1848  [Ibid., 1848, p. 29]  venivano aboliti i tribunali e le commissioni straordinarie