Nel settembre del 1860 viene dato nel Regno di Sardegna un nuovo ordinamento ai Bagni penali di terraferma e dell’isola della Sardegna, in sostituzione di quello del 1826. Il coordinamento della direzione dei bagni è affidato ad un ispettore generale, di solito residente a Genova, che può spostarsi ove risulti necessario. Successivamente, il Regno di Sardegna recepisce le disposizioni per i bagni di Portoferraio e di Ancona. Con r.d. 27 gennaio 1861, n. 4681, viene approvato il nuovo regolamento generale per le carceri giudiziarie del regno.
Il Regno d’Italia recepisce disposizioni preunitarie per i Bagni di Portoferraio e di Ancona. Con  r.d. 11 ago. 1861, n. 169  , vengono emanate disposizioni che riguardano i bagni penali delle province meridionali, e successivamente per la Sicilia, con  r.d. 20 nov. 1961, n. 335  , modificato nel 1867 con l’istituzione di una Direzione centrale presso il Bagno di Palermo. Nel 1862 viene istituito il bagno penale di Longone nell’isola d’Elba. Nel 1865viene soppressa la carica di Ispettore generale dei bagni penali.
I bagni penali, sia marittimi che di terraferma, sono riservati all’espiazione della pena con lavori forzati. In considerazione dell’origine marinara, dipendono dal Ministero della marina, che con  r.d. 4 feb. 1866, n. 2794  , elabora una nuova tabella del personale, a modifica delle precedenti. Già nel 1865 era stata soppressa la carica di ispettore generale dei Bagni penali.
Con  r.d. 29 nov. 1966, n. 3411  , viene deciso il trasferimento dell’amministrazione dei Bagni penali dal Ministero della marina al Ministero dell’interno, a partire dal 1° gennaio 1867. Con  r.d. 23 dic. 1866, n. 3472  , le attribuzioni relative al servizio disciplinare dei Bagni penali passa al direttore generale delle carceri. L’amministrazione dei Bagni penali verrà affidata a personale civile e potranno prestarvi servizio agronomi e maestri del lavoro. Il personale di custodia è composto di capiguardiani, sotto-capiguardiani, guardiani. Il direttore, capo del penitenziario, corrisponde con il ministro. Nel dicembre dello stesso anno, con  r.d. 1° dic. 1867, n. 4071  , il Corpo degli ufficiali militari preposti all’amministrazione dei bagni penali, viene soppresso. Con  r.d. 19 apr. 1868, n. 4378  , viene modificata la pianta organica del personale.
Infine, con  r.d. 18 nov. 1869, n. 5347  , le direzioni delle Carceri giudiziarie, delle Case di pena e dei Bagni penali sono poste sotto l’autorità del prefetto.
Nel corso degli anni si procede a sostituire gradualmente i Bagni penali con le colonie penali, in particolare con le Colonie agricole, risultando più efficace l’uso del lavoro forzato nel dissodamento dei terreni e nella coltivazione. I Bagni penali vengono soppressi nel 1891, quando viene approvato con  r.d. 1° feb. 1891, n. 260  , il regolamento generale degli stabilimenti carcerari e dei riformatori giudiziari.