Fin dall'origine il viceré, per lo svolgimento della sua attività di carattere politico, fu solito servirsi in preferenza di elementi di sua fiducia estranei all'ambiente locale. La struttura della segreteria viceregia assunse comunque forma definitiva tra la fine del cinquecento e i primi del seicento sotto la spinta delle tendenze all'accentramento proprie dell'assolutismo. Il suo organico andò via via aumentando, rimanendo però la responsabilità della direzione dell'ufficio a carico del solo segretario, di solito spagnolo. Anche le competenze si andarono sempre più allargando, poiché il segretario funzionava da collegamento con i titolari delle altre branche della pubblica amministrazione.