Nel fondo è compreso l'archivio del segretariato, poiché nell'originaria strutturazione dipendente dalle citate norme del 1818 il segretariato venne considerato come parte del primo ripartimento, comprendente la materia degli affari esteri e quella di grazia e giustizia. Sembra che l'organo abbia avuto, in un certo senso, il carattere di segreteria del luogotenente generale, fungendo quindi da collegamento tra il governo di Sicilia e il ministero degli esteri di Napoli, che non aveva nell'isola un corrispondente ripartimento.