L'archivio riguarda l'amministrazione dei beni appartenenti alla chiesa della Magione che, fondata in Palermo dal gran cancelliere Matteo Aiello intorno al 1150 sotto il titolo della Trinità, fu prima affidata ai monaci cistercensi e poi all'ordine militare di S. Maria dei Teutonici. Gli ordini, col favore dell'imperatore Federico II e malgrado l'opposizione di Innocenzo III, si arricchirono di largizioni private (tra cui l'ospedale di S. Giovanni dei lebbrosi con tutti i suoi beni) e di nuovi privilegi, poi confermati da Onorio III. La chiesa e gli uniti possedimenti erano governati da un precettore generale di Sicilia che aveva anche giurisdizione su tutte le case o mansiones (da qui il nome) che l'ordine, in progresso di tempo, ottenne nell'isola. La commenda ebbe però, in seguito, aggregati o sotto la sua dipendenza molti altri possedimenti o istituti, come il gran priorato di Messina, le commende gerosolimitane, le abbazie di Parco e Partinico, le baronie di Prizzi e Palazzo Adriano, le tenute reali di Ficuzza e Boccadifalco ed altri. Nel 1787, per ordine reale, la chiesa della Magione venne aggregata all'ordine costantiniano di S. Giorgio e data in commenda al principe Leopoldo di Borbone, conte di Siracusa, per essere, dopo la sua morte, amministrata direttamente in azienda separata sotto la dipendenza del ministero delle finanze fino al 1864.