L'archivio del comune, sviluppandosi intorno al nucleo primitivo di privilegi ed atti delle magistrature consolari della fine del sec. XII, si articola fin dalla metà del sec. XIII nelle tre distinte cancellerie del podestà, degli anziani e dei maestri razionali, con la corrispondente formazione di serie politico-giudiziarie, amministrative e patrimoniali; dagli inizi del sec. XV furono poi istituiti uffici particolari con competenze in settori specifici dell'amministrazione patrimoniale e contabile con cancelleria propria. La fine del comune autonomo a metà del Trecento e la sua annessione allo Stato milanese non apportarono modifiche formali all'ordinamento comunale, pur venendo ad esso sottratti i poteri politici e militari che, pertanto, continuarono a sussistere anche se la loro autorità trovava ormai fondamento nel riconoscimento ducale.
Dopo aver subito varie dispersioni già nei secc. XIV e XV, l'archivio andò quasi completamente distrutto nel 1524 durante un saccheggio della città. La documentazione superstite e quella delle varie cancellerie, riunita mano a mano in un locale presso il campanile della cattedrale e sottoposta al controllo di un apposito " ufficio del campanile ", sub ancora distruzioni nel 1642 e solo nel 1738 fu ordinata per materie, dando luogo a una ripartizione dell'archivio per categorie, abbandonata solo alla fine dell'Ottocento