Nel dicembre 1535 quasi tutte le carte della cancelleria comunale andarono perdute nell'incendio del palazzo del popolo. Si salvò però il complesso dei documenti più importanti, che gli anziani conservavano nella sacrestia del tempio di S. Francesco e che venne poi tradizionalmente indicato con il nome di archivio segreto anzianale.
Nel 1804 l'archivio storico comunale era ancora in disordine nel palazzo del comune quando gli anziani dettero l'incarico al padre agostiniano Luigi Pastori di ordinare la parte relativa all'archivio segreto anzianale, formata da pergamene e da altri documenti sciolti ritenuti più pregevoli. Il Pastori divise le pergamene in parte per materia e in parte per tipo di documento, le corredò a tergo di un breve regesto in lingua latina e le ordinò cronologicamente; con gli altri documenti, suddivisi per materia, formò i 16 fascicoli, ciascuno con un proprio titolo, che raccolse in 22 buste. Tale ordinamento, corredato nella seconda metà del sec. XlX di un inventario ad opera del segretario comunale Giuseppe Angelini, si è mantenuto inalterato fino ad oggi.
Tutto il resto del materiale documentario rimase senza ordine e senza inventario (solo il cartulario, detto quinternone, fu corredato dal Pastori di una summa dei documenti in esso trascritti). Aggregato nel 1922 alla biblioteca comunale, venne diviso sommariamente per serie ordinate cronologicamente, ma continuò a rimanere privo di inventario, ove si eccettui una guida topografica compilata nel 1961.
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