L'archivio comprende anche le carte delle viceprefetture di Treviglio e di Clusone e alcune carte dell'archivio del governo veneto cessato nel 1797, nonché le poche carte del periodo della restaurazione austriaca del 1799-1800. Le carte degli archivi del dipartimento del Serio furono scorporate, fuse e riordinate fra il 1816 e il 1818 dagli archivisti milanesi Paolo Maggi e Carlo Peroni secondo il metodo cosiddetto " peroniano "  [ Paolo Maggi e Carlo Peroni erano funzionari della direzione generale degli Archivi in Milano. Incaricati del riordinamento degli archivi francesi, essi li fusero insieme in un unico archivio, contro il parere della stessa delegazione provinciale di Bergamo, ma con l'approvazione del governo, ordinandoli per materie, come gli archivi milanesi, e con le stesse voci; alcune differenze nell'uso delle voci d'ordine sono solo apparenti: anche nell'AS Milano si usano le voci tribunali regi, tribunali giudiziari accanto a uffici regi e uffici giudiziari. Sull'esecuzione di questi lavori si conserva nell'AS Bergamo una interessante memoria redatta per il ministero dell'interno in data 2 sett. 1929. ]  . Gli archivisti Maggi e Peroni fecero anche degli scarti, la cui consistenza non e' stata però mai accertata. Tra il 1929 e il 1931 Guido Manganelli, dell'AS Milano, incaricato di una ricognizione degli archivi conservati nel palazzo del governo, presso la prefettura di Bergamo, constatò che la consistenza dell'archivio del dipartimento era notevolmente inferiore a quella accertata nell'Ottocento; egli
in quella occasione scorporò inoltre dalle carte del periodo francese gli atti concernenti la circoscrizione di Breno e il territorio della Valcamonica , entrati a far parte, dal 1859, della provincia di Brescia: queste carte furono inviate all'AS Brescia, ove sono tuttora conservate  [ Si veda ancora, di G. MANGANELLI, La relazione finale dei lavori di riordinamento degli archivi antichi esistenti presso la regia prefettura di Bergamo, in data 21 sett. 1931, ms. in AS Bergamo. ]