L'esistenza di un deposito generale delle scritture del comune presso la massaria - documentata fin dal 1217 - e l'incarico attribuito ad un notaio del podestà di rilasciare copie degli atti ivi conservati a tutti i richiedenti, costituirono i precedenti storici della camera degli atti, il primo archivio comunale.
La primitiva unità di concentrazione si spezzò dopo la metà del sec. XIII, quando il dualismo podestà-capitano determinò la contemporanea esistenza di due archivi, l'armarium comunis, che conservava i documenti giudiziari, finanziari e di politica estera e l'armarium populi, ove erano raccolti i documenti relativi alle società d'arti e d'armi, alla giurisdizione dei capitano ed i memoriali.
Con il superamento della duplice organizzazione comunale anche i documenti ritrovarono una conservazione unitaria, per la quale si fissarono negli statuti le norme relative alla consegna delle scritture da parte dei pubblici ufficiali, alla loro inventariazione e pubblicità.
A seguito del riordinamento del Malagola e degli interventi successivi, la documentazione del periodo comunale si presenta suddivisa in: Governo, che raccoglie la documentazione prodotta dagli organi di direzione politica della città; Curia del podestà, ove si concentrano gli atti dell'amministrazione della giustizia esercitata, in nome del podestà, dai suoi giudici preposti ai vari " dischi "; Capitano del popolo, che, accanto ai documenti relativi alle società d'arti e di armi, conserva gli atti relativi alla giurisdizione attribuita al rappresentante della pars populi; Camera del comune, che raccoglie la documentazione relativa alla gestione finanziaria; Uffici a competenza specifica, che raggruppa i documenti prodotti dagli organi amministrativi e tecnici del comune, oltre a quell'organo di carattere giudiziario che è il foro dei mercanti. Tutti i fondi sono provvisti di inventari compilati nel decennio 1930-1940 e via via aggiornati