Istituito secondo alcune testimonianze tra il 1525 e il 1535, deriva la sua denominazione dalla Torre dell'orto detta popolarmente Torrone, destinata prima a carceri poi anche a sede di tribunale. L'attività di tale tribunale rifletteva il momento della quasi totale soppressione dell'autonomia cittadina nell'ambito della giurisdizione penale, poiché l'elezione dei suoi membri fu riservata al pontefice fin dall'atto della istituzione: sola prerogativa cittadina residua, il divieto di concessione di grazia "sine consensu regiminis", peraltro infinite volte contrastato dalla pratica delle transazioni e composizioni estintive dei più gravi reati, materia di regolari ricorsi del senato bolognese alla curia romana. La progressiva estensione a numerosi delitti della nuova pena accessoria della confisca dei beni e l'opposizione dell'assunteria di Torrone alla loro devoluzione al fisco pontificio, fu all'origine di un complesso contenzioso giudiziario-amministrativo. A seguito della bolla di Pio IV del 4 ottobre 1563 la gestione della cancelleria e dell'esazione delle tasse sugli atti giudiziari passò al sacro monte di pietà. Quest'ultimo provvide, fino al riordinamento degli organi giudiziari del 1802, alla nomina e al pagamento degli stipendi dei magistrati e del personale del tribunale