Un nuovo commissario, inviato dal comitato di governo, ricostituì il 31 dicembre 1800 l'amministrazione dipartimentale del Reno  [Collezione delle leggi, proclami ed editti pubblicati in Bologna dopo il ritorno delle truppe francesi seguito il giorno 28 giugno 1800, Bologna, Sassi, t. XIII, p. 34.]  . Con legge 24 lu. 1802 vennero ristabiliti, anche nel dipartimento del Reno, gli organi da essa previsti: prefetto, amministrazione dipartimentale e consiglio generale