In base all'editto 3 messidoro anno IV/21 giugno 1796  [Raccolta dei bandi, notificazioni, editti, etc., pubblicati in Bologna dopo l'ingresso delle truppe francesi, cit., t. I, p. 10.]  la giunta criminale ereditò "tutte le singole facoltà del passato tribunale del Torrone" . Con successiva legge 27 termidoro anno V/14 agosto 1797  [Raccolta di bandi, notificazioni, editti, etc., pubblicati in Bologna dopo l'unione della Cispadana alla repubblica cisalpina, cit., t. II, p. 17.]  la giunta venne sostituita dal tribunale criminale che prese il nome di tribunale imperiale durante il periodo della reggenza austriaca. Quest'ultimo, composto da cinque consiglieri compreso il presidente e da cinque assessori, giudicava dei reati meno gravi. Per la repressione dei delitti più gravi connessi al dilagare della criminalità, in ottemperanza al provvedimento del 13 frimale anno VI/3 dicembre 1797 fu istituita a Bologna, con giurisdizione per tutto il dipartimento del Reno, una commissione criminale militare. Le sue competenze passarono al tribunale imperiale durante il periodo della reggenza austriaca. In seguito alla legge del 26 frimale anno IX/17 dicembre 1800  [Raccolta leggi Cisalpina, s. II, t. I, p. 215.]  , che affidava la repressione dei reati "d'ordine pubblico" ai tribunali criminali secondo il codice militare venne ricostituita con decreto 9 nevoso anno IX/30 dicembre 1800 nel dipartimento del Reno una commissione criminale militare che, a seguito del successivo provvedimento dell'8 pratile anno IX/28 maggio 1801, prese il nome di tribunale criminale straordinario, poi soppresso con circolare 16 giugno 1803