Il nucleo dell'archivio principesco è conservato presso l'AS Bolzano. Tuttavia una parte notevole sta tuttora presso la curia vescovile, mentre varie pergamene e documenti sono dispersi ad Innsbruck, a Lubiana, a Monaco e a Vienna  [Si tratta di circa 1.800 pergamene, 900 codici e 27.492 fascicoli ]  Dopo la secolarizzazione dei principati vescovili di Bressanone e Trento, negli anni 1804 e l 805, una parte dei loro archivi fu infatti trasferita a Innsbruck per avere nella sede del governo " la documentazione scritta dei diritti e titoli di proprietà dei due principati passati sotto l'amministrazione statale ". Le pergamene più antiche e più importanti di ambedue gli archivi vennero poi, nell'autunno del 1805, portate da Innsbruck a Vienna, insieme con fondi archivistici dei domini asburgici nel Vorarlberg e nella zona del lago di Costanza.
In virtù del trattato di pace di Presburgo (26 dicembre 1806) il Tirolo fu assegnato alla Baviera; l'archivio di Innsbruck, e con esso una parte considerevole dell'archivio di Bressanone, avrebbero dovuto essere ceduti perciò a quello Stato e passare quindi a Monaco. Vienna trattenne invece la maggior parte dei codici dell'archivio di Bressanone, mentre il resto dell'archivio fu rispedito ad Innsbruck.
L'11 agosto 1813 il commissario generale del circolo dell'Inn ad Innsbruck incaricò la commissione reale degli archivi di Innsbruck di spedire urgentemente a Monaco le pergamene esistenti sia nell'archivio del tesoro che nell'archivio camerale e le pergamene dell'archivio di Bressanone, fino al sec. XIV, con i libri copiali e i Landbücher. Risulta che alcuni fondi archivistici vennero effettivamente consegnati a Monaco, ma che ad Innsbruck si effettuarono delle " trattenute "  [Il Mayr afferma (op. cit. 170-171) che (i fondi antichi dell'archivio di Bressanone, com'erano ritornati nel 1806 a Innsbruck (da Vienna)... vennero integralmente trasferiti a Monaco(. In realtà dopo le consegne del 1813 non risulta che vi siano state restituzioni, mentre tuttavia nel 1921 un numero rilevante di pergamene brissinensi anteriori al 1400 venne consegnato all'AS Bolzano; bisogna concludere che nel 1813 parte notevole delle pergamene brissinensi anteriori al 1400 sia stata effettivamente trattenuta ad Innsbruck ] 
In base alle disposizioni del congresso di Vienna (1815) la Baviera restituì il Tirolo all'Austria che reclamò subito anche la restituzione dei fondi prelevati dall'archivio di Innsbruck; le trattative andarono per le lunghe e soltanto nel 1837 " alcuni pezzi dell'archivio del tesoro e dell'archivio brissinense " vennero consegnati all'ambasciatore austriaco a Monaco e furono portati a Vienna anziché ad Innsbruck ed incorporati nell'Haus-Hof-und Staatsarchiv. Invece i fondi dello archivio brissinense non vennero restituiti all'Austria, ma continuarono a rimanere a Monaco dove si trovano tuttora  [Cfr. L. SANTIFALLER, Über das Staatsarchiv in Bozen ... citata ] 
I fondi viennesi sono poi stati ceduti all'Italia, come si è detto, nel 1919. Naturalmente si sono avute perdite di documenti nel corso delle continue trasmigrazioni.
L'archivio è provvisto di elenco per le pergamene e i codici e di inventario per gli atti cartacei, compilati intorno al 1920.