Alcune testimonianze dell'attività del libero comune possono rintracciarsi nei vetera monumenta, negli statuti e in pochi altri atti, fino al 1335. Notevolmente più ricca la documentazione posteriore delle magistrature locali, conservate all'inizio con una parvenza di autonomia, trasformate poi lentamente in uffici strettamente dipendenti dalla autorità centrale di Milano, man mano che questa si fa più forte nelle mani dei Visconti, poi degli Sforza, infine degli spagnoli e degli austriaci.
L'attuale ordinamento del fondo - che di massima è stato diviso per materie non dà immediatamente notizia degli uffici comunali che, nel corso delle vicende storiche, hanno prodotto i documenti. L'archivio infatti ha subito rimaneggiamenti ed è attualmente diviso in due grossi tronconi: volumi e carte sciolte; divisione questa basata esclusivamente sulla forma esterna con cui si presenta il materiale.
I volumi non sono stati oggetto di riordinamento nel sec. XIX ed è da presumere che alcune serie - statuti, ordinazioni, lettere ducali, lettere del consiglio, vetera monumenta - siano state, già in epoca remota, separate dal rimanente materiale archivistico. Si deve supporre che nella biblioteca comunale  [Del trasferimento nella biblioteca delle carte costituenti il " vecchio archivio municipale ", avvenuto nel 1898, è traccia in una pratica, trasferita poi all'anno 1907 ]  i volumi abbiano ricevuto, prima del deposito presso l'AS Como, la sistemazione attuale, che lega con un numero di catena unico volumi di contenuto e soprattutto di provenienza diversi; così accanto agli atti dell'ufficio di provvisione e a quelli del consiglio generale, vi sono i volumi del collegio dei dottori, del collegio dei notai, dell'ufficio dei malefici, delle vettovaglie, relazioni di oratori e delegati, istruzioni per l'estimo, e così via.
Le carte sciolte invece, che si rifanno a diversi nuclei individuati nel 1802, furono nel 1856 riunite in un unico complesso, selezionate e ordinate per materia  [Nel 1802, al momento della installazione della prefettura del dipartimento del Lario, fu fatta dal protocollista una ricognizione del materiale. Da quanto questi ha lasciato scritto si deduce che a quell'epoca esistevano: un " archivio più vecchio " costituito da " carte e libri della comune ed ex provincia comasca "; atti compresi. tra gli anni 1786 e 1795, definiti " carte dell'epoca con alcuni documenti del primo ingresso dei francesi, come altresì le carte del già consiglio generale "; carte datate dal 1796 al 31 dic. 1799, cioè " carte di detta epoca nonché una quantità di documenti della prima amministrazione dipartimentale del Lario, state qui rimesse da Milano dal fu dott. Giuseppe Clerici, in allora delegato del già magistrato provvisorio di Como ed ex provincia comasca "; atti datati dal 1° genn. 1800 al 12 giu. 1802. Tutti questi sono definiti " archivi contenenti gli atti della municipalità di Como ". Degli atti fin qui descritti, escludendo quelli indicati nel primo gruppo, esistono i repertori. Oltre al materiale sopra indicato, era segnalata anche l'esistenza di altri documenti e precisamente: carte esistenti precedentemente a Milano, presso l'oratore di Como, marchese Giuseppe Rovelli, e dallo stesso spedite in due casse a Como; carte del già collegio dei dottori; carte della cessata opera pia Verga; " carte ammucchiate in un solaro,.. casse di scritture, libri, stampe ed altri riguardanti a questa comune...., ira le quali una cassa chiusa a chiave contenente documenti della valle Intelvi.... ". Al termine dei lavori, nel 1856, si ha notizia, dalla relazione stessa, del riordinamento del materiale archivistico definito " antico ", anteriore al 1816. Il criterio fondamentale al quale il riordinatore si ispirò fu quello di evidenziare e conservare quanto potesse essere utile alla storia e agli interessi del comune senza far caso alle diverse provenienze. Fu così riunito il materiale in un unico complesso e ordinato, come si è detto, per materia. I documenti descritti nel 1802 sono stati ricompresi nelle seguenti voci (vedi, qui di seguito, le carte sciolte ): le carte dell'oratore Rovelli nella voce Carteggio con gli assessori di Milano ; quelle del già collegio dei dottori nella voce Giustizia ; quelle della cessata opera pia Verga nella voce Beneficenza ; le ultime infine, oltre che sotto la voce Consiglio generale , anche nelle voci Materie araldiche e Carteggio con gli assessori di Milano ] 
E stata qui di seguito collocata documentazione anteriore al periodo napoleonico, senza spezzare però quelle serie che talvolta vanno anche oltre. Le carte successive sono state descritte invece nella parte III ( Comune di Como ) nella quale sono stati descritti anche gli archivi di famiglie e raccolte che facevano parte dell'archivio storico civico