Como entrò a far parte della repubblica cisalpina e divenne capoluogo del dipartimento del Lario, suddiviso in diciassette distretti (legge 7 germinale a. VI/7 mar. 1798  [Raccolta leggi Cisalpina, t. IV, p. 233 ]  ). Soppresso poi il dipartimento con la legge 5 sett. 1798, il suo territorio fu attribuito in parte al dipartimento dell'Olona, in parte a quello dell'Oglio, in parte a quello dell'Adda.
Il ritorno degli austriaci il 28 aprile 1799 portò alla creazione di un magistrato provvisorio, che aveva soprattutto compiti militari. Nel 1800 Napoleone ristabilì la repubblica cisalpina e fu ricostituito il dipartimento del Lario con giurisdizione su un più vasto territorio: comprendeva, infatti, anche i distretti di Varese, di Lecco, di Sondrio con la Valtellina.
La trasformazione della repubblica italiana in regno d'Italia portò ad una variazione del territorio: venne istituito il dipartimento dell'Adda, che tolse a quello del Lario la Valtellina e la Valchiavenna (decreto 8 giu. 1805)