L'archivio si presenta distinto in due parti: una detta archivio segreto - nome già in uso nel sec. XVI - comprende sostanzialmente quanto rimane della documentazione medievale, dal governo vescovile al libero comune, al dominio signorile; l'altra comprende i registri, i volumi e le filze che dal sec. XV avevano cominciato ad acquistare con il governo ducale sempre più il carattere di serie organiche